Tuy nhiên, thực tế cũng có phát sinh những hạn chế, nhất là ở bộ phận tham mưu các cấp còn chậm, không kịp thời, gây khó khăn trong thanh, quyết toán; một số nội dung thực hiện chưa đúng quy trình, thủ tục; điều kiện cơ sở vật chất tại các khu cách ly chưa đồng bộ…